流式細胞分析暨分選核心

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細胞分選儀
4 laser FACSAriaIII     4 laser FACSAriaIII 第2台
 
           
細胞分析儀
  LSR II        
       
           
  Attune        
       
           
實驗數據分析軟體
  FlowJo        
         
           
           
2020/4/21 流式細胞核心新增一台高階多色細胞分析儀(Attune)囉~並於2020/4/21起開放線上預約囉!! 歡迎大家多加利用!。


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流式細胞分析暨分選核心

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本核心設立的宗旨在幫助台大醫學校區的研究者進行流式細胞相關實驗,提供細胞分選、流式細胞分析、流式細胞實驗數據分析、流式細胞實驗設計及諮詢等多項服務。

本核心目前設置有 2台流式細胞分選儀(BD FACSAriaIII) 和 2台高階多色流式細胞分析儀:BD LSRII 以及 Thermo fisher Attune,並聘有專職技術師來進行操作與維護的工作。

本核心另備有流式細胞資料分析軟體(FlowJo) ,可針對流式細胞實驗數據進行分析。

服務項目

流式細胞分選儀 由技術人員操作,不開放個人操作

  • 常規細胞分選

    Human and murine primary cells
    Cell suspension from bone marrow
    Tissue culture cell lines
    Single-cell suspension from tumors

  • 特殊細胞分選
  • 若有上述以外細胞分選之需求,請事先e-mail或來電與管理人員聯絡。

流式細胞分析儀 可個人自行操作,亦可委託操作

  • 自行操作:LSRII及Attune皆可自行操作,請於第一次使用儀器前請先與技術人員聯絡安排儀器訓練時間,完成教育訓練即可開通使用權限。
  • 委託操作服務:委託流程請見注意事項分頁
  • 若第一次委託,請先與技術人員討論實驗內容

流式細胞資料分析軟體(FlowJo)

  • 分析軟體為自行使用。
  • 使用規範請見注意事項分頁。
  • 如有資料分析的疑問需要技術人員協助分析,請先與技術人員協調時間再行預約。

管理人員與連絡方式

  • 黃裕文 - 技術師 #65726 / 65725
  • 蔡靜儀 - 專案研究助理 # 65725 / 65726
  • 莊琬竹 - 專案研究助理 # 65726 / 65725
  • 莊雅婷 - 院聘副研究員 #65720
流式細胞分析暨分選核心

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流式細胞分選儀:4 Laser FACSAriaIII-1及-2 (BD)

兩台儀器雷射及濾鏡組配置相同 (如下表)。
配有四支雷射
  • 488nm Blue Laser
  • 561nm Yel Green Laser
  • 633nm Red Laser
  • 405nm Violet Laser
設有16個螢光檢測器,可同時激發出15色螢光。

其激發光雷射/集光濾鏡規格組態如下:

Laser Detector LP mirror BP filter Fluorochrome
Blue Laser
488nm Trigon
A 655 LP 695/40 PI、PE-Cy5、PerCP-Cy5.5、PerCP、7-AAD
B 502 LP 530/30 FITC、GFP、DCFHDA
C N/A 488/10 SSC
Yel Green Laser
561nm Octagon
A 735 LP 780/60 PE-Cy7
B 630 LP 670/14 PE-Cy5
C 600 LP 610/20 PE-TxRed、mcherry、ddtomato、A594
D N/A 582/15 PE、DsRed、A546
Red Laser
633nm Trigon
A 735 LP 780/60 APC-Cy7、Alexa Fluor 750
B 690 LP 730/45 Alexa Fluor 700、A680、APC-Cy5.5
C N/A 670/30 APC、Cy5、Alexa Fluor 647
Violet Laser
405nm Octagon
A 750 LP 780/60 BV786
B 690 LP 710/50 BV711
C 635 LP 660/20 BV650、Qdot525
D 595 LP 610/20 BV605
E 502 LP 510/50 BV510、AmCyan、CFP、A430、Qdot525、V500
F N/A 450/40 BV421、Pacific Blue、Alexa405(A405)、V450

高階多色流式細胞分析儀- LSRⅡ (BD)

兩台儀器雷射及濾鏡組配置相同 (如下表)。
配有四支雷射
  • 488nm Blue Laser
  • 633nm-Red Laser
  • 405nm-Violet Laser
  • 355nm-UV Laser
設有15個螢光檢測器,可同時激發出14色螢光。 可應用在測定淋巴球表面抗原、白血病分類、細胞週期和細胞凋亡等實驗分析,
還可提供使用者針對幹細胞做side population的偵測。

其激發光雷射/集光濾鏡規格組態如下:

Laser Detector LP mirror BP filter Fluorochrome
Blue Laser
488nm Trigon
A 735 LP 780/60 PE-Cy7
B 685 LP 695/40 PI、PE-Cy5、PerCP-Cy5.5、PerCP、7-AAD、Acridine Orange、AU
C 550 LP 575/26 PE、PI、TMRE
D 505 LP 530/30 FITC、GFP、DCFHDA
E Blank 488/10 SSC
Red Laser
633nm Trigon
A 755 LP 780/60 APC-Cy7、Alexa Fluor 750
B 690 LP 730/45 Alexa Fluor 700、A680、APC-Cy5.5
C Blank 670/30 APC、Cy5、Alexa Fluor 647
Violet Laser
405nm Octagon
A 750 LP 780/60 BV786
B 690 LP 710/50 BV711
C 595 LP 610/20 BV605
D 505 LP 525/50 BV510、AmCyan、CFP、A430、Qdot525、V500
E Blank 450/40 BV421、Pacific Blue、Alexa405(A405)、V450
UV Laser
355nm Octagon
A 635 LP 670/14 Side Pop、Hoechst Red
B Blank 450/50 Hoechst33258、Hoechst Blue、DAPI、Alexa350

高階多色流式細胞分析儀- Attune NxT flow cytometer (Thermo fisher)

配有四支雷射
  • 488nm Blue Laser
  • 561nm-YG Laser
  • 637nm-Red Laser
  • 405nm-Violet Laser
可同時偵測16種參數,包含前方散射光(FSC)、側方散射光(SSC)與以下14種螢光。
除了應用在測定淋巴球表面抗原、白血病分類、細胞週期和細胞凋亡等實驗分析外,
還可提供405/10帶通濾片(BP filter)直接偵測紫光散射光(Violet SSC),使用者將全血樣本或由組織分離之單細胞懸浮液染色,
以大體積緩衝液稀釋後直接上機分析(No Lyse No Wash)。

其激發光雷射/集光濾鏡規格組態如下:

Laser Detector BP filter Fluorochrome
Blue Laser
488nm
A 695/40 PerCP、PerCP-Cy5.5
B 530/30 FITC、GFP
C 488/10 SSC
Yel Green Laser
561nm
A 780/60 PE-Cy7
B 620/15 PE-eFluor610、PI
C 585/16 PE、DsRed、A546
Red Laser
637nm
A 780/60 APC-Cy7、Alexa Fluor 750
B 720/30 Alexa Fluor 700、A680、APC-Cy5.5
C 670/14 APC、Cy5、Alexa Fluor 647
Violet Laser
405nm
A 780/60 SB780、BV786
B 710/50 SB702、BV711
C 660/20 SB645、BV650、Qdot525
D 610/20 SB600、BV605
E 525/50 eFluor506、BV510、A430、Qdot525、V500
F 450/40 SB436、BV421、Pacific Blue、Alexa405(A405)、eFluor450

流式細胞資料分析體-FlowJo

  • 版本: FlowJo v10.6.1 (會持續更新)
  • 功能簡介:(可參閱 共研NO.21電子報 )
  • 可進行階層式圈選,並有多種表現圖示(如:Pseudocolor、Zebra、Density、Color map 3rd parameter…等)
    如圖
  • 可進行細胞週期及細胞增生的分析
  • 螢光補償的調整
  • 可儲存分析模版進行大批檢體分析,也可輸出批次分析報告
  • 隨著軟體的更新也有許多擴充分析演算法(Plugin)如t-SNE(如下圖)或UMAP…等
流式細胞分析暨分選核心

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流式細胞分選(sorting)檢體製備與預約說明:

細胞分選儀檢體製備:

  • 樣品必須先過濾去除黏聚的細胞團塊或組織塊,譬如以Cell Strainer (BD#352340,with 40 μm nylon mesh) 進行過濾,
    或使用具有過濾上蓋之無菌管(BD#352235)。
    若用未過濾的樣品上機而造成機器堵塞及損壞,使用者需負賠償責任。
  • 欲分選轉染GFP,YFP或DsRed 之樣品,需提供未經轉染的相同細胞做為控制組樣品,作為儀器校正用。
  • 若欲以多重螢光染色進行分選,需提供各種單一螢光染色之樣品作為調整校正之用。
  • 控制組樣品細胞(包含未經轉染及單染)濃度要求為2-10x10^5/ml,若細胞數過少,至少需置於150ul體積中。
  • 預約時間及樣品製備數量估算參考下表
      cell line或較大顆的細胞(>20um) Primary cell或小顆細胞(<12um)
    回溶濃度 (conc.) 1-2*10^7/ml 0.7-1*10^8/ml
    每時段可上樣細胞數 (Max) 4*10^7 2*10^8

細胞分選預約:

  • 一般分選預約:開放一個月內的預約時段。
  • 緊急案件預約:以人類檢體為限,並請務必提前一天17:00前先與技術師確認可否上機。
    聯絡分機:65726。計價均為一般案件之二倍計算
  • 預約取消:若需取消預約請至少於預約日前一天(17:00前)來電,否則即按原價收取費用。

注意事項:

  • 軟體內只保留「半年內的data」,請使用者自備光碟儲存data。
  • 如有任何疑問請與操作人員聯絡: 黃裕文/莊琬竹,分機:65726 / 65725。

流式細胞分析儀(analyzers)檢體製備與預約說明:

細胞分析儀檢體製備:

  • 樣品必須先過濾去除黏聚的細胞團塊或組織塊,譬如以Cell Strainer (BD#352340,with 40 μm nylon mesh) 進行過濾,
    或使用具有過濾上蓋之無菌管(BD#352235)。
    若用未過濾的樣品上機而造成機器堵塞及損壞,使用者需負賠償責任。
  • 若您是使用LSRII分析儀,建議樣本濃度為1~2x10^6 cells/mL;若您是使用Attune NxT分析儀,建議樣本濃度為0.5~1 x10^6 cells/mL。

細胞分析預約開放一個月內的預約時段

  • 自行操作預約:請於第一次使用儀器前先與管理人員聯絡安排儀器訓練時間,完成教育訓練即可開通儀器使用權限。
  • 委託操作預約:「申請委託操作頁面」選取欲上機的時段 (接受委託時段為星期一至星期四,8:00-12:00及13:00-17:00,最晚需於委託服務前七天預約)
    → 操作員會於每天上班日早上九點前根據「預約者提交的時間」依序確認委託,故請定期至「我的預約紀錄」查詢最新的預約狀況。
  • (491 KB)
  • 預約取消:
    • 「委託預約者」可於技術師確認委託之前取消選取的時間,但操作員確認後就無法自行取消委託預約,故若需取消預約請至少於預約日前一天來電取消。
    • 「自行操作者」最遲須於預約時段前四小時自行取消,否則即按原價收取費用。

注意事項:

  • 軟體內只保留「三週內的data」,請使用者自備光碟儲存data。
  • 如有任何疑問請與管理人員聯絡 :蔡靜儀/莊琬竹/黃裕文,分機:65726/65725 。

流式細胞儀資料分析軟體(FlowJo)預約、使用相關規則:

  • 權限開放: 凡使用流式細胞分析暨分選核心的使用者皆可請管理人員確認並開放預約權限。
  • FlowJo Dongle由流式細胞核心設施管理人員保管,分析當天請找管理人員借用再行分析,使用完必須立即歸還Dongle。
  • 開放一個月內9:00~18:00的預約時段,非當日時間的預約,每人每天最多兩小時
    (分析當天的預約則不限制每人預約的時段)。
  • 若需要於非上班時間使用分析軟體,請先行填寫並繳交
    後再借Dongle,並於隔日上班時間九點前歸還,未準時歸還者3個月內不能再於非上班時間借用Dongle,遺失者須負賠償責任。
  • 預約取消: 若需要取消預約請至少於預約日前一天(17:00)自行取消。
  • 如有任何疑問請與管理人員連絡,蔡靜儀/莊琬竹/黃裕文分機 65725/ 65276。

本部提供之流式細胞儀實驗結果若載入發表文獻中,請於致謝 (Acknowledgement) 處提及本部:

We would like to acknowledge the service provided by the Flow Cytometric Analysis and Sorting Core Facility at NTUH.
流式細胞分析暨分選核心

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流式細胞分選儀(sorter) 收費標準:

  • 流式細胞分選儀的收費方式依據雷射啟動的支數來進行計價,並以2小時為一個單位計算。
    臺大醫院及醫學院區人員收費標準為下表,台灣大學(非醫學院區)人員為表列金額*1.5倍,校外人士則為表列金額*3倍。
    雷射啟動支數 收費金額
    兩支雷射(其中一支必含488nm) 新台幣 750元 / 2小時
    三支雷射(其中一支必含488nm) 新台幣 1,000元 / 2小時
    四支雷射 新台幣 1,250元 / 2小時
  • 使用時間未達預約時間長度時,以預約時間長度為基準進行收費。
  • 超過預約時間仍未前來使用者,按照原預約時間長度收費。
  • 若需要,在不影響其他使用者的使用權益下,得提前進行實驗、或延長使用時間,但以預約時段為基準進行收費,超過預約時間長度者需加收超時使用的費用。
    未滿一個單位者以一個單位計算。
    請小心評估完成實驗所需要的時間以決定預約時間的長度。
  • 非因儀器故障導致實驗結果不良,使用者仍須依收費標準付費。

流式細胞分析儀(analyzer) 收費標準:

  • 流式細胞分析儀的收費方式依據雷射啟動的支數來進行計價,並以2小時為一個單位計算。
    臺大醫院及醫學院區人員收費標準為下表。
    儀器設備 自行操作 操作員操作 院外人士使用
    LSRII 新台幣 100元 / 小時 新台幣 250元 / 小時 台灣大學-醫學院區以外:新台幣 150元 / 小時
    校外人士: 新台幣 300元 / 小時
    Attune 新台幣 150元 / 小時 - 台灣大學-醫學院區以外:新台幣 225元 / 小時
    校外人士:新台幣 450元 / 小時
  • 使用時間未達預約時間長度時,以預約時間長度為基準進行收費。
  • 超過預約時間仍未前來使用者,按照原預約時間長度收費。
  • 若需要,在不影響其他使用者的使用權益下,得提前進行實驗、或延長使用時間,但以預約時段為基準進行收費,超過預約時間長度者需加收超時使用的費用。
    未滿一個小時者以一個小時計算。
    請小心評估完成實驗所需要的時間以決定預約時間的長度。
  • 非因儀器故障導致實驗結果不良,使用者仍須依收費標準付費。

委託服務收費流程:

  • 上機時請列印sorter服務申請單,並請計畫主持人簽名後交給技術員。
    (若委託操作分析儀則不需繳交)
  • 技術員會以計畫主持人為對象,統計使用狀況並向醫院核銷或申請收據核銷。
    或可選擇以現金支付(請持使用申請單及現金至醫院出納組直接繳費)
  • 經查核無繳費之實驗室皆一律禁止使用共研之任何儀器。
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本核心設施以服務為宗旨,使用者於成果發表時,並不要求將服務提供者列為共同作者,但請務必在文章中致謝本核心,以幫助我們能夠持續地為大家提供更優質的服務,
建議致謝詞 ( Acknowledgements) 如下:

We would like to acknowledge the service provided by the Flow Cytometric Analyzing and Sorting Core Facility at National Taiwan University Hospital

若是在 Materials and Methods 中提到,則
建議如下:

Cells were sorted on FACSAriaIII (BD Bioscience、San Jose、CA) through the service provided by the Flow Cytometric Analyzing and Sorting Core Facility at National Taiwan University Hospital

若您的論文已發表,請您將PDF 檔e-mail 給本核心實驗室 (ntuhsorter@ ntuh.gov.tw)以便於收集統計。無限感激。

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國立臺灣大學醫學院附設醫院 National Taiwan University Hospital
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Page Last Updated:May 25th, 2020
Page Editor:Wen Yen Chang #63879