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台大醫院醫學研究部共同研究室提供台大醫學校區各級研究人員使用，包含：儀器設施、技術服務、研究諮詢與研究空間，提供全方位的服務。
目前設置四個核心服務供研究人員委託使用，以減少儀器操作探索時間，達到數據標準化。此外，每月提供儀器訓練與研究新知講習，裨使研究人員更能掌握儀器原理及新的研究方法。
一、共同研究室設置及編制
流式細胞分析暨分選核心
基因定序暨生化核心
顯微影像核心
高通量基因體暨巨資料分析核心
小動物實驗核心
免疫研究核心
細胞製備暨檢測核心
代謝體暨藥物分析核心
二、儀器訓練與新知講座
1.研究新知、教育訓練：
定期舉辦儀器訓練課程及研究新知講座。
2.共同研究室電子報﹕
介紹研究新知與方法及共同研究室相關訊息，每月十日定期出刊，
歡迎訂閱。
三、台大醫院共同研究室
第二共同研究室 － 生化、細胞與分子生物學、生物資訊分析
東址： 臨床研究大樓2樓
管理人員：蔡芷季助理研究員、洪煜堃小姐
第三共同研究室 － 免疫學
東址：診療大樓2樓
管理人員：莊雅婷研究員、洪煜堃小姐
第五共同研究室 － 生化、細胞與分子生物學
公衛：公共衛生學院大樓8樓
管理人員：高景揚助理研究員、薛俊傑技士
第六共同研究室 － 生化、蛋白質純化
東址：診療大樓2樓
管理人員：王聲耀技正
第七共同研究室 － 免疫、生物能量分析、細胞免疫斑點分析、小動物實驗
東址：南棟10樓
管理人員：林郁里副研究員、歐陽璞醫檢師
第八共同研究室 － 小動物生理實驗、細胞行為
東址：北棟B4
管理人員：于家城博士、劉貞技士
第九共同研究室 － 細胞治療研究中心
西址：手術大樓2樓
管理人員：范邁儀助理研究員、李昇憲管理師、陳玟均醫檢師
第十共同研究室 － 代謝體學暨藥物分析
藥學院：水森館五樓
管理人員：邱懷萱助理研究員、莊嘉琪小姐